为推动高校哲学社会科学事业发展和科研管理体制机制改革创新，1999年教育部启动实施高校人文社会科学重点研究基地建设计划，先后分5批在全国66所高校建立了151个基地，基本覆盖了人文社会科学各学科和重要研究领域。厦门大学台湾研究中心成立于2000年1月，于2001年入选为教育部人文社会科学重点研究基地。

本中心依托厦门大学台湾研究院为母体，荟集了国内一流的台湾研究专家学者，是国内高校中最具规模的台湾研究机构。按照教育部“一流”和“唯一”标准，已建成集科学研究、政策建言、咨询服务、舆论引领、人才培养、学术交流等功能为一体的国家级重点研究基地及优秀核心智库。本中心凭借台湾研究院多学科的优势，以台湾问题研究为主轴，对台湾政治、经济、社会、历史、文化、法律、教育等各方面进行综合的整体研究。目前，本中心下设“两岸融合发展与国家统一政策模拟实验室”及“民进党研究中心”等特色机构。

台湾研究中心实行高校领导下的主任负责制，现任中心主任由厦门大学南强重点岗位教授、博士生导师陈先才教授担任。陈先才教授同时兼任厦门大学文科实验室“两岸融合发展与国家统一政策模拟实验室”主任、台湾研究院民进党研究中心主任，方向涉及民进党研究、台海危机管理研究、国家统一问题研究、台湾地区智库研究、“台独”组织研究等等。